Общая территория порта 66,4 га.
Все погрузочно-разгрузочные работы в Калининградском морском торговом порту производятся на специализированных по родам грузов терминалах и участках.

ГРУЗОВОЙ ТЕРМИНАЛ №1

Терминал №1 расположен на правой стороне Вольной гавани (причалы 1, 2, 3, 15, 16). Специализируется на перевалке генеральных грузов крытого и открытого хранения в мешках, ящиках, пакетах, мягких контейнерах (биг-бегах), лесных, рефрижераторных грузов. На его территории расположены:

-  морозильный склад (холодильник);
- 3 крытых склада используемых для хранения пиломатериалов, фанеры, ДСП и других генеральных грузов;
- 3 крытых склада используемых для мешковых грузов;
- 40,162 тыс. кв. м открытых охраняемых складских площадок.
- участок для перевалки мазута (причал 16) и склад, оснащенный тремя емкостями по 3 тыс. куб. метров каждая;
- комплекс (цех и склад) по производству кормовых добавок для с\\х животных.

Терминал располагает парком из 13 портальных кранов грузоподъемностью 5/6/10 тонн.

ГРУЗОВОЙ ТЕРМИНАЛ №2 (КОНТЕЙНЕРНЫЙ ТЕРМИНАЛ)

Терминал №2 расположен на территории между Вольной и Индустриальной гаванями (причалы 18,19). Специализируется на перевалке: универсальных и специализированных крупнотоннажных контейнеров, а также черных и цветных металлов. На его территории расположены:

- крытый склад используемый для комплектации контейнеров, металлов крытого хранения;
- 111,5 тыс. кв. метров открытых охраняемых складских площадок с покрытием из ж/б плит и асфальтобетона;
Терминал располагает парком специализированной перегрузочной техники:
- портальными кранами (14 ед.), грузоподъемностью от 10 до 50 тонн, в т.ч. высокопроизводительным полноповоротным краном «Феникс», г/п 50 тонн, с шарнирно-сочлененной стреловой системой, обеспечивающей горизонтальное перемещение груза при изменении вылета стрелы, кран оборудован телескопическим спредером;
- контейнерными погрузчиками (9 ед.) производства концернов KALMAR и FANTUZZI, SMV 4531TB5, грузоподъемностью от 41 до 45 тонн;
- современными грузозахватными приспособлениями.

Располагая в настоящее время общей площадью 250 тыс. кв.метров, терминал имеет возможность переваливать до 250 тыс. контейнеров (в ДФЭ) в год и является  крупнейшим контейнерным терминалом в Калининграде.
Терминал предоставляет полный комплекс услуг, связанных с перевалкой, хранением и транспортировкой контейнеров от отправителя к получателю, в том числе производит затарку-растарку контейнеров и их перевозку с терминала и обратно на любое расстояние собственными автомобильными тягачами и прицепами.

Терминал также обеспечивает возможность клиенту воспользоваться услугами контейнерного поезда «Меркурий» для доставки контейнеров по маршруту Калининград-Москва (1288 км) – за 48 часов.

ГРУЗОВОЙ ТЕРМИНАЛ №3

Грузовой Терминал №3 расположен на левой стороне Вольной гавани (причалы 4, 5, 6) и правой стороне Индустриальной гавани (причалы 10, 11, 12, 13, 14). Специализируется на перевалке зерновых грузов, навалочных ферросплавов, кокса, чугуна, руды, металлолома. На его территории расположены:

- 2 крытых склада используемых для хранения ферросплавов;
- до 60 тыс. кв. м открытых охраняемых складских площадок для хранения навалочных грузов (чугуна, кокса, металлолома и ферросплавов);
- 3 корпуса портового элеватора, общей емкостью единовременного хранения зерновых культур 46 тыс.тонн;

Терминал располагает парком из 18 портальных кранов грузоподъемностью от 5 до 32 тонн.

Специализированный терминал по перевалке минеральных удобрений располагает :

- складом, вместимостью 16 тыс. куб.метров, способный надежно хранить два вида удобрений;
- подъездными железнодорожными путями, вмещающими до 100 специализированных вагонов;
- оборудованием для смешивания удобрений и расфасовки в мягкие контейнеры (биг-бэги) грузоподъемностью 0.5-1.0 тонны с производительностью 60 тонн/час;
- мобильными конвейерными установками для загрузки судов со скоростью погрузки до 10 тыс. тонн в сутки (коммерчески гарантируется 4 тыс. тонн в сутки).